It is the year 2205. The “Historical Revisionists” have begun attacking the past. In order to prevent history from being altered, the Time Government has sent “Saniwa” to the past. Awakened by these Saniwa are the tsukumogami dwelling in swords, “Touken Danshi”. In order to protect history, they throw themselves into battle. The Saniwa gives their Touken Danshi the order to go on a new sortie. They assign a formation with Hachisuka Kotetsu as the captain, Kashuu Kiyomitsu, Yamatonokami Yasusada, Izuminokami Kanesada, Horikawa Kunihiro and Nagasone Kotetsu. Hachisuka Kotetsu is rubbed the wrong way by the existence of Nagasone Kotetsu, who is a forgery.

The stage is the first year of the Genji era (1864). The target of the Historical Revisionists is the Shinsengumi. Kashuu Kiyomitsu and Yamatonokami Yasusada were Okita Souji's swords, Izuminokami Kanesada and Horikawa Kunihiro were Hijikata Toshizo's swords, and Nagasone Kotetsu was Kondo Isami's sword. Seeing their former masters makes the Touken Danshi waver. However, the presence of the History Retrograde army, under the command of the Historical Revisionists, draws near them. What is the meaning of Yamatonokami Yasusada's actions, as the goal of the History Retrograde Army remains unknown...?

西暦2205年。「歴史修正主義者」による過去への攻撃が始まった。 歴史の改変を防ぐため、時の政府により「審神者（さにわ）」が過去に遣わされた。 審神者によって励起されたのは、刀剣に宿る付喪神「刀剣男士」。 彼らは歴史を守るため戦いへと身を投じていくのであった。 審神者から刀剣男士たちに出陣の命が下った。 蜂須賀虎徹を隊長に加州清光、大和守安定、和泉守兼定、堀川国広、長曽祢虎徹という 編成が組まれる。 蜂須賀虎徹は贋作である長曽祢虎徹の存在に反発する。 舞台は、元治元年。 歴史修正主義者の標的は――新撰組。 沖田総司の刀であった加州清光と大和守安定、土方歳三の刀であった和泉守兼定と堀川国広、 そして近藤勇の刀であった長曽祢虎徹。 かつての主を目にし、動揺する刀剣男士たち。 しかしそこに歴史修正主義者が率いる時間遡行軍の気配が迫る。 時間遡行軍の目的が分からない中、大和守安定がとった行動とは――。